WebMoney - оценка 5.
Достоинства:
- платежи через WebMoney в России принимают практически везде;
- возможность работы с большими деньгами - с персональным аттестатом на счету может быть до 3 млн руб.;
- хорошая защита, возможность использования для защиты моб. телефона;
- множество разных сервисов;
- удобство, быстрота совершения платежа;
- простота приема платежей на сайте;
- возможность открытия счетов в разных валютах, простой обмен денег из одной валюты в другую;
- расчет бизнес-уровня каждого счета - удобно для поиска партнеров;
- наличие большого количества обменных пунктов.
Минусы:
- большая комиссия (qiwi, например, при переводах между пользователями вообще комиссию не берет);
- мудреная система аттестации, вдобавок платная;
- очень плохой саппорт.

QIWI - оценка 4
Достоинства:
- много терминалов приема наличных, пополнение счета бесплатное;
- отсутствие комиссии при денежных переводах между пользователями;
- защита с помощью SMS;
- широкая распространенность;
- привязка к WM кошельку;
- возможность выпуска карт.
Минусы:
- анонимность, платежи ограничены суммой 15 т.р.;
- сравнительно мало обменных пунктов для перевода в WM, высокая комиссия при обмене.

Яндекс - оценка 4
- распространенность;
- интеграция со Сбербанком - переводы из Сбербанк онлайн мгновенно и в любое время;
- достаточно удобная система.
Минусы:
- счета только в рублях;
- анонимность, макс. сумма на счету - 15 т.р., если подтвердить свои данные, по размеру счета и платежей все равно будут сравнительно большие лимиты;