Привожу текст переписки с Яндексом:

-------------------------------------------------
Здравствуйте! Я веду свой блог https://---.ru, все статьи уникальные,
написаны самолично. После сентябрьского АПа пропали все страницы из индекса,
кроме главной. В чем может быть причина?

-------------------------------------------------
Здравствуйте!

Мы проверили, Ваш сайт присутствует в поиске и находится пользователями (по
каким запросам, Вы можете узнать из раздела «Запросы» сервиса Я.Вебмастер,
https://webmaster.yandex.ru/wmconsole/ ).

Не все страницы сайта, известные поиску Яндекса, включены в индекс и
ранжируются высоко. Их включение и позиция зависят от качества сайта и его
контента с точки зрения пользователей, и многих других факторов. В множество
критериев, отражающих качество сайта, входит и размещение на его страницах
SEO-ссылок, что мы считаем плохой практикой, вредящей пользователям поиска (
https://webmaster.ya.ru/replies.xml?item_no=325&ncrnd=71 ). Подобные факторы
вредят ранжированию сайта по всем запросам, не направленным на поиск самого
сайта.

Наше понимание качественных сайтов отражено в следующих документах:
https://help.yandex.ru/webmaster/?id=995298#995342
https://webmaster.ya.ru/replies.xml?i...325&ncrnd=2022
https://webmaster.ya.ru/replies.xml?item_no=3772

Мы стараемся настраивать и улучшать алгоритмы поиска так, чтобы сайты,
соответствующие этим рекомендациями, быстро и полно индексировались и
находились на высоких позициях по релевантным запросам.

--
С уважением, Платон Щукин
Служба поддержки Яндекса
https://help.yandex.ru/