Лично я знаю пока только о Вебмани и Манибукерс, да и думаю большинстов тоже.
Поэтому коротко напишу.

Moneybookers:
Транзакции и платежи 0%
Пополнение счёта Банковским переводом 0%, картами Visa и Mastercard 1,90%, через Альфа-банк 0%
Вывод: Банковским переводом всего 2,36$ на любую сумму. Альфа-банк 2,36$ независимо от суммы.

WebMoney:
Все транзакции и платежи 0,8%
Различными видами Ввода, которые вы знаете колеблятся от 0% до 2%, выводы от 0,8% до 5%. Но выводить естественно лучше через обменники, чтобы вообще не палиться.

Если подвести итоги, то Манибукерс раззносит Вебмани в пух и прах.
По транзакциям: ВМ-МБ-0:1
По вводу: ВМ-МБ-0:1
По выводу: ВМ-МБ-0:1
Итого счтё 3:0 в пользу Манибукерс.
Минус Манибукерсов, что нельзя гонять бесконечно деньги между пользователями системы, как например в ВМ.