сравниваем несравнимые вещи
каждая платежка заточена под свои цели и своих клиентов. пересекаются их рынки только частично и очень слабо. поэтому попробую затронуть только общее для всех, так навскидку:

1 Webmoney - 3
плюсы
-широкая распространенность на постсоветском пространстве
-простота пополнения
-возможность оплаты коммунальных услуг
минусы
-сложна и платная система аттестации
-высокая комиссия.
-блокировки счета без пояснения причин с требованием оплатить аттестацию.
-система может отказать в обслуживании по собственному желанию

Perfect Money - 4.
плюсы
- продвинутая, регулируемая клиентом, система безопасности
- платежи окончательные и без поворотные, оспариванию не подлежат.
- единственная причина для блокировки - взломы.
минусы
- не возможность оплаты коммунальных услуг
- не все обещанные пряники дают (например я ни разу не видел начисление процентов, да и история с вебмастерами)

Liberty Reserve - 2
плюсы
- платежи окончательные и без поворотные, оспариванию не подлежат.
- высокая популярность в некоторых сферах
минусы
- не возможность оплаты коммунальных услуг
- многочисленные взломы и локи без пояснения причин.

LiqPay - 4

плюсы
-отсутствие комиссии
-онлайн поддержка
-возможность оплаты коммунальных услуг
минусы
-самая слабая система безопасности, многочисленные взломы

YouMax - 5
плюсы
-отсутствие комиссии
-поддерживается форумом.
минусы
- не возможность оплаты коммунальных услуг

Payza - 1
минусы
- не возможность оплаты коммунальных услуг
- очень высокие комиссии
- отзыв платежей без пояснения причин, иногда через 2-3 месяца.

z-payment - 3
минусы
- платежка не распространена
- только рубли

Яндекс-Деньги - 3
минусы
- только недавно попыталась выбраться с российского рынка
- только рубли

PayPal, RBK Money, Pecunix, Skrill, BitCoin, SolidTrustPay, Qiwi - не пользуюсь, хотя они возможно интересны в узких сферах.